أما عن شياخة الظاهر، فقد جاءت تسميتها نسبة إلى الظاهر بيبرس، وذلك في عام 665هـ / 1260م. في ذلك العام، كان يحكم مصر المملوك "الملك الظاهر بيبرس البندقداري"، الذي كان يعرف باسم "بيبرس". لم يكن في ذلك الوقت سوى جامعان يمكن أداء صلاة الجمعة فيهما، هما "جامع عمرو بن العاص" و"جامع الحكيم"، بينما كانت صلاة الجمعة غير مسموح بها في الجوامع الأخرى، بما في ذلك الأزهر. سرعان ما تغير هذا الأمر بعد تولي بيبرس السلطة. في عام 1266، أُعيد فتح الأزهر لأداء صلاة الجمعة، وبعد مرور عام بدأ بناء جامع جديد في "ميدان قراقوش" ليُقام فيه صلاة الجمعة.