وفي نيسان/١٦ إبريل ١٩٨٨ بعد اندلاع الانتفاضة الفلسطينية الأولى بأربعة أشهر تقريباً تم اغتيال خليل الوزير (أبو جهاد) في دارته بضاحية سيدي بوسعيد بتونس العاصمة، على يد مجموعة كوماندوز إسرائيلية بإشراف إيهود باراك، وكان أبو جهاد يتهيأ لمغادرة تونس في