لاشك أن وراء الإلحاد الجديد أبعاد سياسية أسفرت عن وجهها في السنوات الأخيرة، أهمها التريوج للخوف من الإسلام(الإسلاموفوبيا)، إذا أن كتابات هذه الفترة تتبنى مفاهيم صامويل هنتجتون التي طرحها في كتابه (صراع الحضارات) والتي تؤصل للعداء للإسلام في نفوس الشعوب، لذلك فالإلحاد الجديد ليس جديدا فقط في عدوانيته ووقاحته والترويج له إعلامياً ، أو في التناول العلمي للدين، ولكن أكثر الجديد ظهورا هو مهاجمته للمارسات الإسلامية بل والإسلام ذاته.